Sau thành công của ông ở Ai Cập, Artaxerxes trở về Ba Tư và dành vài năm tới để dẹp yên các cuộc nổi dậy trong các vùng khác nhau của đế quốc mà một vài năm sau kể từ cuộc chinh phục Ai Cập, Đế quốc Ba Tư đã vững vàng trong tay của hoàng đế. Ai Cập vẫn là một phần của Đế chế Ba Tư cho đến khi Alexandros Đại đế chinh phục Ai Cập.

Sau khi chinh phục Ai Cập, đã không có cuộc nổi dậy hay nổi loạn chống lại Artaxerxes. Mentor và Bagoas, hai vị tướng đã tỏ ra nổi bật trong chiến dịch Ai Cập, được giao các chức vụ có tầm quan trọng cao nhất.

Quân Ba Tư ở Ionia và Lycia đã giành lại quyền kiểm soát biển Aegean và Địa Trung Hải và chiếm phần lớn đế chế hải đảo cũ của Athen. Isocrates của Athens bắt đầu những bài phát biểu kêu gọi một "chiến dịch lớn chống lại man rợ "nhưng không có đủ sức mạnh để bất kỳ của thành bang Hy Lạp nào hưởng ứng lời kêu gọi của ông[13] Trong năm 341 TCN, Artaxerxes trở về Babylon, nơi ông dường như tiến hành xây dựng một Apadana lớn mà được mô tả trong các tác phẩm của Diodorius.

Con trai ông, Arses của Ba Tư, lên kế vị ngai vàng và thường được biết đến với tên gọi Artaxerxes IV.